Synopsis

La diffusion de la deuxième saison de Prison Break a débuté le 21 août 2006 aux États-Unis et au Canada. En France, le premier épisode été diffusé en avant-première le 8 novembre 2006. La saison entière est projetée à partir du 13 septembre 2007 à 20h50.

L'histoire commence quelques heures après l'évasion de la prison de Fox River et se concentre sur les principaux fugitifs. De nouveaux personnages sont introduits, tel l'agent fédéral Alexander Mahone (William Fichtner), qui est chargé de traquer et de capturer les huit évadés. Le créateur du feuilleton Paul Scheuring décrit cette deuxième saison comme « "The Fugitif" times eight » (« Le Fugitif multiplié par huit ») et la compare à la « second half of "The Great Escape" » (« seconde partie de La Grande Évasion »). Les fugitifs poursuivent leur voyage à travers les villes des États-Unis en ayant constamment les autorités à leurs trousses tandis que chacun poursuit son propre objectif. Pendant ce temps, l'histoire autour de la conspiration se développe, les membres du Cartel continuent leur plan pour trouver et éliminer Lincoln Burrows ainsi que tous ceux qui se mettent en travers de leur chemin. La majeure partie de l'intrigue concernant la conspiration se termine dans les derniers épisodes de cette saison.

Résumé global

Ce qui suit dévoile certains éléments de l'intrigue de la deuxième saison.

Lincoln et Michael se sont évadés de Fox River en compagnie de Sucre, l'Acrobate, Franklin, T-Bag, Abruzzi et le Disjoncté. Toutes les autorités sont à leurs trousses et les 8 de Fox River fuient désormais le sol américain en direction du Panama. Un agent du FBI est chargé de les arrêter le plus vite possible, il s'appelle Alexander Mahone. 

Michael avait également tout prévu, une fois dehors, pour se rendre au Panama avec Lincoln. Mais, Michael n'a pas pressenti que l'intelligence de l'agent Mahone allait le mettre en péril plusieurs fois. De plus, le gouvernement fait pression sur Lincoln en envoyant son fils en prison et en l'accusant à tort du meurtre de sa mère et de son beau-père. Ceci oblige Michael à modifier ses plans avant de rejoindre le Panama.

Durant cette saison, chaque détenu fuit les autorités chacun de son côté. Sauf que, quelques jours plus tard, ils se retrouvent tous dans l'Utah pour déterrer les 5 millions de dollars que Charles Westmorland avait dérobé 30 ans auparavant. Chose faite, les voilà tous repartis dans la nature mais c'est T-Bag qui partira avec l'argent retrouver celle qu'il aime et qui l'a dénoncé à la police.

L'agent Bellick, maton à Fox River, est viré et part à la recherche de Scofield pour l'arrêter et toucher la récompense. Par la suite, il fera équipe avec l'agent Mahone et se rendra au Panama pour récupérer les 5 millions de dollars que T-Bag détient toujours. Il se servira de Sucre, ancien compagnon de cellule de Michael qui s'est aussi évadé, pour retrouver T-Bag en faisant pression sur sa fiancée Mari-Cruz.

A Fox River, le FBI mène l'enquête et découvre que Sara est complice de l'évasion. En effet, par amour, elle a laissé la porte de l'infirmerie ouverte pour Michael. Cela dit, elle n'est pas arreté et elle rejoindra Michael plus tard car des agents secrets du gouvernement veulent quelque chose qui appartenait à son père, le gouverneur de l'Illinois, assassiné par ces mêmes personnes. Elle fait alors équipe avec Michael et Lincoln et ils tentent grâce à un enregistrement sonore, prouvant l'innocence de Lincoln, de mettre un terme à cet enfer. Malheureusement, l'enregistrement n'est pas daté et il est donc impossible de prouver l'innocence de Lincoln. Sara, Michael et Lincoln sont donc contraints de fuir vers le Panama en Cargo. Seuls Michael et Lincoln y arriveront ; Sara se fait arrêter à quelques kms du quai d'embarquement et s'apprète à être juger en justice.

Michael et Lincoln sont désormais au Panama avec l'agent Mahone à leurs trousses qui a découvert, grâce au tatouage de Michael, qu'ils étaient là-bas. Aux Etats-Unis, Sara est jugée coupable pour complicité d'évasion sauf qu'au dernier moment, un agent secret du gouvernement décide de venir témoigner et innocente instantanément Sara et surtout Lincoln qui est enfin libre. Sara accourt au Panama faisant une surprise à Michael et à Lincoln en leur annonçant la bonne nouvelle.

Michael s'est également débarrassé de l'agent Mahone en lui refilant son bateau remplit de drogues. Mahone croyant qu'il va faire un beau et long voyage se fait arrêter lors d'un contrôle de son bateau par les autorités. Michael tente de récupérer également les 5 millions que T-Bag a en sa possession. T-Bag est alors pris au piège. Et, c'est en compagnie de Bellick et de Sucre qu'ils vont lui reprendre les 5 millions de dollars. Sauf que Bellick est gravement blessé et qu'il ne peut plus marcher. Il est immédiatement envoyé en prison pour un meurtre commis par T-Bag.

Lincoln, Michael et Sara sont heureux, ils vont pouvoir rentrer aux Etats-Unis car ils sont libres. Mais, l'agent spécial Kim débarque devant leurs yeux et pointe Lincoln avec son arme. Heureusement, Sara tue l'agent Kim d'un coup de revolver avant qu'il ne descende Lincoln. Là, c'est la panique, les autorités Panaméennes débarquent, Michael et Sara prennent la fuite ensemble. Lincoln fuit de son côté et sème les autorités. Michael et Sara se réfugient dans une cabane mais ils sont encerclés. Forcés de se rendre, Michael se fait accusé du meurtre de l'agent Kim devant Sara en larmes.

Michael est alors incarcéré dans une prison du Panama qui s'appelle Sona. D'ailleurs, il aura la bonne surprise d'y entrer en compagnie de l'agent Mahone. Michael découvre alors une prison sans gardien, salubre et très sombre où les détenus doivent lutter pour survivre. Fox River était un hôtel de luxe comparé à Sona. Et s'avançant dans un long couloir, il découvre Bellick, en piteux état allongé sur le sol. Michael se dirige alors vers une porte donnant sur la cour où des hurlements se font entendre...

Cette deuxième saison s'achève en 22 épisodes. Michael est de retour à la case prison et Lincoln, quant à lui, est enfin libre.
Enfin, Sara reste introuvable après l'arrestation de Michael.

Casting : Dominic Purcell (Lincoln Burrows), Wentworth Miller (Michael Scofield), William Fitchner (Alexander Mahone), Amaury Nolasco (Fernando Sucre), Marshall Allman (LJ Burrows), Wade Williams (Captain Brad Bellick), Paul Adelstein (Agent Paul Kellerman), Robert Knepper (Theodore "T-Bag" Bagwell), Sarah Wayne Callies (Dr. Sara Tancredi), Rockmond Dunbar (Benjamin Miles Franklin - C Note), Stacy Keach (Warden Henry Pope), Peter Stormare (John Abruzzi), Silas Weir Mitchell (Le Disjoncté).